Le site Natura 2000 de la Vallée du Loir présente 21 habitats naturels dits « d’intérêt communautaire ». Ils peuvent être relativement communs (prairies pâturées, champs cultivés) et certains sont beaucoup plus rares. Les habitats prioritaires présents en vallée du loir sont : les landes humides à bruyères, les tourbières, les marais calcaires, les forêts alluviales.
