Le site Natura 2000 de la Vallée du Loir présente 21 habitats naturels dits « d’intérêt communautaire ». Ils peuvent être relativement communs (prairies pâturées, champs cultivés) et certains sont beaucoup plus rares.
Habitats d'intérêt communautaire présents en Vallée du Loir :
- Landes atlantiques subsèches
- Prairies maigres de fauche
- Pelouses sèches semi-naturelles et faciès d'embuissonnement sur calcaire
- Bas-marais neutro-alcalins
- Grottes naturelles non exploitées par le tourisme
- Mégaphorbiaies hydrophiles
Les habitats prioritaires présents en Vallée du loir :
- Les landes humides à bruyères
- Les tourbières
- Les marais calcaires
- Les forêts alluviales.
